Der entlaufene Student Ninja Hayate

Hayate Shinobu ist kein gewöhnlicher Drittklässler; Er ist ein flüchtiger Ninja, der immer wieder die Schule wechselt, um seinen Verfolgern zu entkommen.
Wenn er erwischt wird, wartet nur noch der Tod auf ihn.

Auf der anderen Seite ist für die Verfolger der einzige Weg, das Scheitern ihrer Mission zu kompensieren, ebenfalls der Tod.
Hayates Klassenlehrer ist ebenfalls ein Ninja und er hat beschlossen, Hayate hinzurichten, um den Ninja-Kodex zu schützen, trotz der Einwände der Schulbehörde und seiner eigenen Sorge darüber.

Hayate muss zahlreiche Schwierigkeiten überwinden, um ein normaler Grundschüler zu werden.