Ist (Yuuki Homura)

In naher Zukunft entwickelt ein japanischer Wissenschaftler ein angetriebenes Exoskelett namens „Infinite Stratos“ (IS). Der IS verfügt über weit fortgeschrittenere Technologie und Kampffähigkeiten als jedes andere Waffensystem und droht die Welt zu destabilisieren. Angesichts einer solch übermächtigen Waffe erlassen die Nationen der Welt den „Alaska-Vertrag“, der besagt, dass der IS niemals für militärische Kämpfe eingesetzt werden wird und dass die vorhandene IS-Technologie gleichmäßig an alle Nationen verteilt werden muss, um zu verhindern, dass eine einzelne Nation dominiert die anderen. Allerdings hat die Einführung des IS erhebliche Auswirkungen auf die Gesellschaft. Da der IS nur von Frauen betrieben werden kann, ist das Machtgleichgewicht zwischen Männern und Frauen gestört, und Frauen dominieren die Gesellschaft gegenüber Männern.
Zehn Jahre nach der Einführung des ersten IS ist die Welt in ein neues Zeitalter des Friedens eingetreten. Der Frieden wird jedoch durch eine unerwartete Entdeckung zerstört. Es wird festgestellt, dass ein 15-jähriger japanischer Junge namens Ichika Orimura in der Lage ist, einen IS zu bedienen. Ichika erkennt das Potenzial und wird von der japanischen Regierung gezwungen, die prestigeträchtige Infinite Stratos Academy zu besuchen, eine internationale Akademie, an der IS-Piloten aus aller Welt ausgebildet werden. So beginnt sein geschäftiges Schulleben umgeben von Mädchen.