Die Geschichte spielt in einer Welt, in der übernatürliche Kräfte durch die Wissenschaft und Magie durch die Religion entstehen. In der Geschichte ist Touma Kamijou ein gewöhnlicher Highschool-Junge mit schrecklichen Schulnoten und einer Kraft namens Imagine Breaker. Stellen Sie sich vor, Breaker kann jede andere Macht besiegen, aber es untergräbt auch Kamijous eigenes Glück. Die immense Stärke seines Imagine Breakers ist buchstäblich unermesslich, daher wird der unglückliche Kamijou auf der übernatürlichen Stufe 0 aufgeführt. Er trifft zufällig ein Mädchen in Weiß, das an seinem Fensterbalkon hängt. Das Mädchen sagt, dass sie von Zauberern verfolgt wird, und Kamijou erfährt, dass das Mädchen eine Nonne der Church of England ist, deren Erinnerungen gewaltsam durch Index-Librorum-Prohibitorum ersetzt wurden – die 103.000 verbotenen Texte der Kirche.
