Kanons Geschichte spielt mitten im Winter und handelt von einer Gruppe von fünf Mädchen, die wieder mit demselben Jungen verbunden sind. Yuichi Aizawa, der Hauptdarsteller, hatte die Stadt besucht, in der die Geschichte sieben Jahre vor Beginn der Geschichte spielt.
Am Anfang ist Yuichi sehr distanziert von der Stadt und ihren Einwohnern. Vor seiner Rückkehr wird beschlossen, dass er bei seiner Cousine Nayuki Minase und ihrer Mutter Akiko bleiben soll. Nach seiner langen Abwesenheit hat Yuichi fast alles vergessen, bis auf kleine Details dessen, was vor sieben Jahren passiert ist, und muss daran erinnert werden, was er zurückgelassen hat.
Am Tag nach Yuichis Rückkehr ist er mit Nayuki unterwegs, der ihn durch die Stadt führt. Nayuki erinnert sich, dass sie Dinge zum Abendessen kaufen muss und Yuichi zögert, mit ihr zu gehen und argumentiert, dass er verloren gehen könnte. Kurz nachdem Nayuki ihn auf dem Bürgersteig warten ließ, stürmt ein seltsames Mädchen namens Ayu Tsukimiya mit wenig Vorwarnung in ihn hinein. Nachdem sie sich erholt hat, schleppt sie ihn in ein nahe gelegenes Café und gibt zu, versehentlich eine mit Taiyaki gefüllte Tasche gestohlen zu haben, nachdem sie vom Verkäufer versehentlich verängstigt wurde, bevor sie die Möglichkeit hatte zu zahlen. Yuichi schleppt Ayu dann zurück zum Verkäufer, beide entschuldigen sich für den Ärger und Ayu wird vergeben. Sie beschließen, sich an einem anderen Tag wieder zu treffen und Ayu huscht davon.
Yuichi ist sich zunächst nicht bewusst, aber drei andere Mädchen, die er vergessen hatte, kennen ihn. Während er die Geschichte über die übernatürlichen Untertöne der Stadt erfährt, wird Yuichi an jedes Mädchen und an die Ereignisse von vor sieben Jahren in der schneebedeckten Stadt erinnert.
