Die Handlung folgt einem Team von Piratensöldnern namens Lagoon Company, das Anfang bis Mitte der 90er Jahre Waren in den Meeren Südostasiens schmuggelt. Ihre Operationsbasis befindet sich in der fiktiven Seehafenstadt Roanapur im Südosten Thailands (irgendwo im Distrikt Amphoe Mueang Trat, wahrscheinlich auf dem Festland nördlich / nordöstlich der Insel Ko Chang oder auf der Insel selbst). Auf der Insel gibt es eine große Auswahl an Taschendieben, Schlägern, Söldnern, Dieben, Prostituierten, Attentätern und bewaffneten Männern, den Triaden-, französischen und kubanischen Kartellen sowie den Yakuza. Sie transportieren Gegenstände in dem 80 m langen Elco-PT-Boot Black Lagoon. Die Lagoon Company unterhält Geschäfte mit verschiedenen Kunden, unterhält jedoch eine besonders freundschaftliche Beziehung zum gesamten russischen Verbrechersyndikat Hotel Moscow. Die Gruppe übernimmt viele verschiedene Aufgaben - die brutale Feuergefechte, Nahkämpfe und nautische Konflikte beinhalten können - an verschiedenen südostasiatischen Orten, sogar so bedeutend wie die vietnamesische Insel Phu Quoc und wenn sie nicht viel tun, die Mitglieder der Die Lagoon Company verbringt einen Großteil der Ausfallzeit in The Yellow Flag, einem Pub in Roanapur, das normalerweise in Feuergefechten zerstört wird.
