Die außer Kontrolle geratene Studentin Ninja Hayate

Hayate Shinobu ist nicht Ihr regulärer Drittklässler; Er ist ein flüchtiger Ninja, der immer wieder Schulen wechselt, um denjenigen zu entkommen, die ihn verfolgen.
Wenn er erwischt wird, wartet nur der Tod auf ihn.

Auf der anderen Seite ist für die Verfolger der Tod der einzige Weg, um das Scheitern ihrer Mission zu kompensieren.
Hayates Klassenlehrer ist ebenfalls ein Ninja, und er hat beschlossen, Hayate auszuführen, um den Ninja-Code zu schützen, trotz der Einwände des Board of Education und seiner eigenen Angst.

Hayate muss zahlreiche Schwierigkeiten überwinden, um ein regulärer Grundschüler zu sein.