In Tokio, das im Jahr 2020 als Shinto Teito anerkannt wurde, ist der 19-jährige Minato Sahashi sehr intelligent, hat jedoch aufgrund seiner Unfähigkeit, unter Druck zu bestehen, den College-Eingangstest zweimal nicht bestanden.
Minato trifft ein Mädchen namens Musubi, das eines Tages tatsächlich in den Himmel fällt. Minato erfährt bald, dass sie eine "Sekirei" ist, die ihn als ihre "Ashikabi" aus der kryptischen Gruppe von Individuen ausgewählt hat, die die ererbte Eigenschaft besitzen und in der Lage sind, durch Küssen einen Deal mit den Sekirei zu schließen. Dies ermöglicht es ihnen, ihre gesamte Kraft bei der Beseitigung von Konflikten mit anderen Sekirei einzusetzen und bindet die Sekirei an ihn. Die Sekirei-Schlacht, bestehend aus 108 entzückenden Mädchen, drallen Frauen und Bischöfen, wurde in einem Wettbewerb namens „Sekirei-Plan“ von Hiroto Minaka, dem Vorsitzenden und Gründer der mysteriösen und mächtigen MBI Corporation, ausgetragen.
Minato lernt schnell, dass es nicht nur Spaß und Spiel ist, der Ehepartner einer Frau zu sein, besonders wenn er von mehreren anderen Sekirei ausgewählt wird, die jeweils zusätzlich einen Deal mit ihm als Ashikabi abschließen. Jetzt sollte Minato eine Methode finden, um die lebensbedrohlichen Konflikte des Sekirei-Plans und den intensiven Wettbewerb seiner Gefährten um ihn zu überleben.
Sekirei sind übermächtige Wesen, die einen anderen Code verwenden, genau wie der einer Person. Das Sekirei-Raumschiff stürzte 1999 auf der Insel Kamikura auf der Erde ab und wurde von zwei Schülern entdeckt, Hiroto Minaka (potenzieller MBI-Vorsitzender) und Takami Sahashi (potenzieller MBI-Chefforscher und Minatos Mutter). An Bord hatte das Paar 108 Lebensformen entdeckt, die als „eine Säule und 107 Vogelbabys“ erklärt wurden.
